Els seminaris com a centres destinats a la formació dels sacerdots foren creats l’any 1545 per un decret del Concili de Trento. En aplicació d’aquest decret, l’arquebisbat de Barcelona va destinar un edifici a acollir el Seminari Conciliar. Aquest primer edifici estava situat al carrer de Montalegre, i prestà el seu servei des de l’any 1593 al 1772. Després va ser traslladat a l’Església de Betlem, a la Rambla, fins al 1878, en què novament es traslladà al carrer Tallers fins el 1882, any en que es traslladà a l’edifici en el qual ens trobem.

El projecte arquitectònic de l’edifici actual va ser realitzat per l’arquitecte Elies Rogent, el mateix que va projectar la Universitat de Barcelona, i es va iniciar sota el pontificat del bisbe Josep M. Urquinaona. En l’edifici els seminaristes hi van començar a viure l’any 1882, però no va ser inaugurat oficialment fins al 4 de desembre de 1904.

En la Setmana Tràgica de 1909 el Seminari va ser assaltat i incendiat en part. Durant la guerra civil, l’edifici del Seminari, saquejat, va tenir diferents utilitats: seu de la Universitat Popular de les Joventuts Llibertàries, alberg de refugiats de guerra, camp de presoners, hospital, i residència per als presos de diversos camps de treball de Barcelona. El rector del seminari, el beat Josep Maria Peris, així com diversos formadors i seminaristes sofriren el martiri durant la persecució religiosa.

Un cop acabada la Guerra, però, ràpidament fou restaurat i els seminaristes s’hi tornaren a instal·lar. A partir de l’any 1970, els seminaristes van anar a viure en residències de diferents barris de Barcelona, quedant en l’edifici del carrer de la Diputació només les institucions acadèmiques. L’any 1984, es va iniciar un procés de rehabilitació per adequar-lo als nostres dies i acollir a la comunitat de seminaristes que, amb els seus formadors, s’hi instal·là de nou en la seva totalitat l’any 1999, de forma moderna i còmoda, distribuïts en tres residències, per cursos i edats.